一、发酵饲料中可以使用的微生物菌种有哪些？  
乳酸菌 
肠球菌属的粪肠球菌、屎肠球菌和乳酸肠球菌，乳杆菌属的德式乳杆菌乳酸亚种、德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、纤维二糖乳杆菌、发酵乳杆菌和布氏乳杆菌，双歧杆菌属的两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、青春双歧杆菌和动物双歧杆菌，片球菌属的乳酸片球菌、戊糖片球菌，链球菌属的嗜热链球菌。 
丙酸杆菌 
产丙酸丙酸杆菌。 
芽孢菌 
芽孢杆菌属的地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、迟缓芽孢杆菌、短小芽孢杆菌和凝结芽孢杆菌，短芽孢杆菌属的侧孢短芽孢杆菌，梭菌属的丁酸梭菌。 
酵母菌 
产朊假丝酵母和酿酒酵母。 
霉菌 
黑曲霉和米曲霉。 
光合细菌 
沼泽红假单胞菌。 
二、生物饲料发酵是否必须额外添加菌种？ 
就技术而言，饲料发酵不一定要额外添加菌种，因为很多饲料原料，特别是青绿饲料原料本身就含有较为丰富的乳酸菌、酵母菌等微生物，可以直接发酵。 
如果使用了大量谷物或副产品原料，并且为了满足不同批次发酵饲料产品质量稳定均一的要求，现在发酵饲料生产实践中一般都额外添加较大量的发酵菌剂，以保证产品的稳定性。 
三、发酵菌种的选择应注意哪些方面？ 
发酵菌种选择首先应在农业部(现农业农村部)公布的《饲料添加剂品种目录》范围内。但作为发酵饲料用菌种的选择，核心目的在于原料的预处理或发酵的代谢产物，不同于作为饲料添加剂中微生物的选择。不同目的的发酵饲料选择的菌种是不一样的。另外，生物发酵饲料也并非是一定要使用常规的饲料原料或副产品原料。 
选择菌种时应围绕以下几点：
1.用于处理原料中的抗营养因子，如豆粕中的大豆抗原、寡糖，菜粕中的硫苷、单宁，全脂米糠中的植酸磷等，应选择分解相应抗营养因子能力强的菌株，当然一些酶制剂也有相应效果，主要看成本和价值。 
2.用于原料中纤维素、淀粉、蛋白质的预消化，此时应选择产纤维素酶、非淀粉多糖酶、淀粉酶、蛋白酶能力强的菌株。也可直接选择相应的酶制剂，视综合成本和价值而定。 
3.用于生产普通的初级代谢产物，如乳酸、丁酸、营养性小肽等，应选择产酸能力强、产小肽含量高的菌株。 
4.用于产生功能性发酵代谢产物，如功能性小肽。应先明确目标功效成分是什么，再选择相应菌株(一般需要特定发酵底物或诱导物)，也可使用部分定位水解酶。 
四、如何选择饲料发酵的菌种种类？ 
目前常见的饲料发酵菌种主要包括三类:芽孢杆菌类、乳酸菌类和真菌类。 
发酵菌种的选择根据发酵目的而定：对于降解原料中大分子蛋白或多糖等，可以选择产酶能力较强的芽孢杆菌类或真菌类中的曲霉类；以生鲜原料保存为目的的饲料发酵可以选择乳酸菌类；对于高糖原料的增值利用、生产菌体蛋白等可以选择真菌中的酵母类进行发酵。